Bis Anfang der 1580er Jahre gab es im Reich dank des Augsburger Religionsfriedens eine Phase ohne größere kriegerische Konflikte. In dieser Zeit vollzog sich die sogenannte Konfessionalisierung, das heißt, die Verfestigung und Abgrenzung der drei Konfessionen Protestantismus, Calvinismus und Katholizismus zueinander.
Zu Beginn des 17. Jahrhunderts eskalierte allerdings die Situation. Die protestantischen Stände erkannten den ausschließlich durch den katholischen Kaiser besetzten Reichshofrat, eines der höchsten Gerichte im Heiligen Römischen Reich Deutscher Nation, nicht mehr an. Als Folge der religiösen Streitigkeiten gründeten sechs protestantische Fürsten am 14. Mai 1608 die Protestantische Union. Die Reaktion der katholischen Seite folgte. Am 10. Juli 1609 formierte sich die katholische Liga.
Der Prager Fenstersturz am 23. Mai 1618 war der Auslöser für den Dreißigjährigen Krieg. Dieser Krieg war ein Konflikt um die Vormacht in Deutschland und Europa und gleichzeitig ein Religionskrieg. Die Gegensätze zwischen Katholischer Liga und Protestantischer Union innerhalb des Heiligen Römischen Reiches waren ebenso Grund für den Dreißigjährigen Krieg wie auch der habsburgisch-französische Gegensatz auf europäischer Ebene. Gemeinsam mit ihren jeweiligen Verbündeten im Reich trugen die europäischen Staaten ihre Feldzüge und Schlachten vor allem auf deutschem Gebiet aus.
Am 24. Oktober 1648 endete der Krieg in Deutschland. Die Kriegshandlungen selbst, aber auch die durch sie verursachten Hungersnöte und Seuchen entvölkerten ganze Landstriche. In Teilen Süddeutschlands etwa überlebte nur ein Drittel der Bevölkerung. Einige vom Dreißigjährigen Krieg betroffene Territorien brauchten mehr als ein Jahrhundert, um sich von dessen Folgen zu erholen.
Die Verhandlungen im Rahmen des Westfälischen Friedens vom 15. Mai bis zum 24. Oktober 1648 in Münster und Osnabrück beendeten den Dreißigjährigen Krieg in Deutschland.