In der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts entstand mit der „Constitutio Criminalis Carolina“ im Jahre 1530 das erste allgemeine deutsche Strafgesetzbuch. Andererseits ist diese Zeit geprägt durch die durch die Reformation entstandene Glaubensspaltung. Einzelne Regionen und Territorien wandten sich von der alten römischen Kirche ab und stellten das Heilige Römische Reich vor eine Zerreißprobe.
Karl V., Kaiser von 1530 – 1556, war der letzte römisch-deutscher Kaiser, der durch den Papst die Kaiserwürde erhielt. Er verstand sich als Verteidiger der katholischen Kirche und lud 1521 den Reformator Martin Luther vor den Reichstag zu Worms. Dort verhängte er gegen Luther und seine wachsende Anhängerschaft die Reichsacht (Wormser Edikt). Karl war jedoch nicht in der Lage, dem Protestantismus Einhalt zu gebieten.
Zwischen 1524 und 1526 wurde das Heilige Römische Reich vom deutschen Bauernkrieg erschüttert. 1531 entstand als Gegenmacht der Schmalkaldische Bund, ein Zusammenschluss der führenden protestantischen Stände. Karl V. übertrug immer mehr Verantwortung für das deutsche Gebiet auf seinen Bruder Ferdinand, während er sich auf außenpolitische Probleme konzentrierte.
Die religiösen Auseinandersetzungen im Reich hielten trotz der Niederlage des Schmalkaldischen Bundes an. Die Reformation war nicht mehr aufzuhalten. Der Augsburger Reichs- und Religionsfrieden 1555 sicherte als Reichsgesetz für das Heilige Römische Reich den Protestanten die Ausübung ihres Glaubens, Frieden und ihren Besitz. Er verfügte vermittels der Formel „Cuius regio, eius religio“, dass ein Fürst eines Landes berechtigt sei, die Religion für dessen Bewohner vorzugeben, nicht jedoch die Bewohner selbst.
Die auf dem Reichstag zu Augsburg 1555 beschlossene Reichsexekutionsordnung beinhaltete die verfassungsmäßige Schwächung der kaiserlichen Gewalt, die Verankerung des reichsständischen Prinzips und die volle Föderalisierung des Reiches. Nach dem Reichstag von Augsburg trat Kaiser Karl V. von seinem Amt zurück. Er übergab die Macht an seinen Bruder, den römisch-deutschen König Ferdinand I. Karls Politik innerhalb und außerhalb des Reiches war endgültig gescheitert.