Im Hochmittelalter regierte Konrad II. als römisch-deutscher Kaiser von 1027 bis 1039. Er setzte die Reichskirchenpolitik seines Vorgängers fort, allerdings nicht mit dessen Vehemenz. Er beurteilte die Kirche nach ihrer Nützlichkeit für seinen Herrschaftsbereich. Seine Regentschaft gilt als große „Erfolgsgeschichte“. Sie gilt als Höhepunkt der mittelalterlichen Kaiserherrschaft und eine relative Ruhephase des Reiches.
In die Zeit von Heinrich IV. (Kaiser von 1084 – 1105) fiel der sogenannte Investiturstreit. Es ging darum, ob die weltliche Herrschaft oder der Papst kirchliche Ämter vergeben darf. Für die römisch-deutschen Herrscher war es selbstverständlich, dass sie die freien Bischofssitze im Reich neu besetzten. Der Investiturstreit führte 1076 zur Absetzung von Heinrich als König und seiner Exkommunikation durch Papst Gregor VII. Der Gang nach Canossa 1077, wo sich der König unterwarf und vom Bann lösen konnte, gilt als Höhepunkt der Auseinandersetzung mit dem Papsttum. Als Reaktion auf die zunehmende Unzufriedenheit wählten Fürstentage sogar Gegenkönige. Unter seinem Nachfolger Heinrich V. legte sich die Auseinandersetzung wieder.
Von 1155 bis 1190 herrschte Friedrich I., genannt Barbarossa, als Kaiser des Heiligen Römischen Reiches. Mit dem Tod Friedrich II. 1250 begann das „Interregnum“, die „kaiserlose Zeit“ im Heiligen Römischen Reich, die bis 1273 andauerte. Der vielseitig gebildete Friedrich II. galt als erster moderner Mensch auf dem Thron.
Im Spätmittelalter verfiel im Zuge des Interregnums die traditionell nur schwach ausgeprägte Zentralgewalt, während die Macht der Kurfürsten weiter zunahm. In diese Zeit fiel auch der Ausbruch der Pest, die zu einer schweren Krisenstimmung führte und in deren Verlauf es zu einem deutlichen Rückgang der Bevölkerung sowie zu Judenpogromen kam. Gleichzeitig gelang die Hanse zu großer Macht und Einfluss in Nordeuropa.
Die Frühe Neuzeit gilt als Neuanfang des Kaisertums unter den Habsburgern. In dieser Zeit bildete sich der Reichstag heraus und blieb bis zu seinem Ende das zentrale politische Forum des Heiligen Römischen Reiches.