Die beiden Großmächte des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation, Österreich und Preußen, versuchten in einer Koalition (1792 bis 1797), die Französische Revolution und ihre Auswirkungen einzudämmen oder gar ganz rückgängig zu machen. Den französischen Revolutionstruppen gelang es jedoch mit ihrer größtenteils erfolgreichen Kriegsführung, die gegnerischen Mächte nach und nach mittels Friedensverträgen aus dem Krieg auszuschließen.
Preußen und Österreich hielten sich an anderen kleineren Reichsterritorien schadlos und räumten Frankreich sogar ein Mitspracherecht bei der zukünftigen Gestaltung des Reiches ein. Das Heilige Römische Reich willigte im März 1798 gezwungenermaßen auf dem Friedenskongress von Rastatt in die Abtretung der linksrheinischen Gebiete ein und beschloss, die weltlichen Herrscher für die verlorenen Gebiete auf Kosten kirchlicher Territorien zu entschädigen.
Auch die zweite Koalition (1799 bis 1802) aus Großbritannien, Österreich, Russland, dem Osmanischen Reich, Portugal, Neapel und dem Kirchenstaat scheiterte gegen das revolutionäre Frankreich. Preußen verhielt sich in diesem Konflikt unter der Führung seines neuen Königs Friedrich Wilhelm III. neutral. In Frankreich herrschte seit seiner Rückkehr von der Ägyptischen Expedition im Jahre 1799 Napoléon Bonaparte. Dieser Krieg endete 1801 durch den Frieden von Lunéville, in dem Kaiser Franz II. (1792 bis 1806) als Reichsoberhaupt der Abtretung der linksrheinischen Gebiete zustimmte.
Dieser Friedensvertrag verlangte ebenfalls Entschädigung für weltliche Fürsten, die Gebiete bzw. Besitz verloren hatten. Der Reichsdeputationshauptschluss (Hauptschluss = Abschlussbericht) 1803 regelte diese Abfindungen. Sie erfolgten durch Säkularisation kirchlicher Herrschaften. Doch es sollte nicht lange Frieden in Europa herrschen. Schon 1805 formierte sich die dritte Koalition gegen Frankreich (aus Österreich, Großbritannien, Russland und Schweden). Eine Invasion der britischen Inseln scheiterte in der Schlacht von Trafalgar am 21. Oktober 1805. Siegreich blieb Napoléons Armee dagegen in der Schlacht von Austerlitz am 2. Dezember desselben Jahres. Das Gefecht brachte eine schwere Niederlage für die vereinigte russische und österreichische Armee.
Die vierte Koalition aus Preußen und Russland, später um Großbritannien und Schweden erweitert, bestand von 1806 bis 1807. Im Juli 1806 gründeten 16 deutsche Staaten auf Initiative Napoléons den Rheinbund. Diese Länder traten aus dem Heiligen Römischen Reich aus und bildeten eine Konföderation mit Frankreich. Nach einem französischen Ultimatum löste Kaiser Franz II. am 6. August 1806 das Heilige Römische Reich formell auf.
Die kriegsentscheidende Niederlage erlitten Napoléons Truppen in der Völkerschlacht bei Leipzig vom 16. Oktober bis zum 19. Oktober 1813 durch verbündete österreichische, preußische, russische und schwedische Truppen.