Am 18. Mai 1804 beschloss der französische Senat mit einer Verfassungsänderung, Napoléon zum Kaiser zu krönen. Mit diesem Titel wollte er einerseits seine Macht festigen, andererseits seine Größe noch deutlicher herausstellen. Er stellte sich damit in die Tradition von Kaiser Karl dem Großen. Sein Ziel war es, seinem Kaisertum eine besondere Legitimation zu verschaffen. Im September 1804 reiste der französische Kaiser daher nach Aachen und besuchte dort das Grab Karls des Großen.
Kaiser Franz II. musste sich am 11. August 1804 einem Ultimatum Napoléons beugen. Um einen Krieg zu vermeiden, erkannte er das französische Kaisertum an. Zusätzlich zu seinem Titel als Kaiser des Heiligen Römischen Reiches wurde er Kaiser von Österreich, um die Ranggleichheit mit Napoléon zu wahren. Der Titel des Kaisers des Heiligen Römischen Reiches allein schien dazu nicht mehr geeignet. Er wählte diesen Schritt, obwohl dies ein Bruch des Reichsrechts war, da er weder die Kurfürsten über diesen Schritt informierte noch den Reichstag um Zustimmung bat.
Napoléon ließ sich jedoch nicht mehr aufhalten. Im Dritten Koalitionskrieg 1805 marschierten seine Truppen auf Wien zu. Am 2. Dezember 1805 siegten die napoleonischen Truppen in der Dreikaiserschlacht bei Austerlitz über Russen und Österreicher. Der darauffolgende Frieden von Preßburg, den Bonaparte Franz II. und dem russischen Zaren Alexander I. diktierte, dürfte das Ende des Reiches endgültig besiegelt haben. Der französische Kaiser setzte durch, dass Bayern, Württemberg und Baden volle Souveränität erhielten und somit Preußen und Österreich gleichgestellt waren. Diese Länder befanden sich nun faktisch außerhalb der Reichsverfassung.
Am 12. Juli 1806 gründeten Kurmainz, Bayern, Württemberg, Baden, Hessen-Darmstadt, Nassau, Kleve-Berg und weitere Fürstentümer den Rheinbund, als dessen Protektor Napoléon auftrat. Am 1. August erklärten sie ihren Austritt aus dem Reich. Ein weiterer Schritt zur Niederlegung der Reichskrone Franz II. erfolgte durch ein Ultimatum an den österreichischen Gesandten in Paris. Kaiser Franz sollte bis zum 10. August abdanken, ansonsten würden französische Truppen Österreich angreifen.
In seiner Abdankung vom 6. August 1806 erklärte der römisch-deutsche Kaiser, dass er sich nicht mehr in der Lage sehe, seine Pflichten als Reichsoberhaupt zu erfüllen. Franz II. legte nicht nur die Krone nieder, sondern löste das Reich als Ganzes auf, obwohl dazu die Zustimmung des Reichstages nötig gewesen wäre. Auch wenn die Auflösung des Reiches wohl juristisch nicht haltbar war, fehlte es allen Beteiligten am politischen Willen und auch an der Macht, das Heilige Römische Reich Deutscher Nation zu bewahren.